| Blaireau européen, Meles meles |
445 |
| Chamois des Alpes, Rupicapra rupicapra |
415 |
| Bouquetin des Alpes, Capra ibex |
339 |
| Chamois des Pyrénées / Isard, Rupicapra pyrenaica |
272 |
| Lérot commun, Eliomys quercinus |
272 |
| Chat forestier, Felis silvestris |
231 |
| Putois d'Europe, Mustela putorius |
201 |
| Campagnol roussâtre, Clethrionomys glareolus |
167 |
| Rat noir, Rattus rattus |
164 |
| Loutre commune, Lutra lutra |
153 |
| Crocidure musette, Crocidura russula |
142 |
| Genette commune, Genetta genetta |
133 |
| Lièvre variable, Lepus timidus |
123 |
| Campagnol agreste, Microtus agrestis |
117 |
| Lièvre ibérique, Lepus granatensis (féral en FR) |
105 |
| Rat des moissons, Micromys minutus |
96 |
| Vison d'Amérique, Neovison vison (féral en WP) |
86 |
| Mulot à collier, Apodemus flavicollis |
84 |
| Crocidure des jardins, Crocidura suaveolens |
81 |
| Musaraigne pygmée, Sorex minutus |
68 |
| Crossope aquatique, Neomys fodiens |
66 |
| Ecureuil à ventre rouge, Callosciurus erythraeus (féral en WP) |
64 |
| Daim européen, Dama dama (féral en FR) |
60 |
| Muscardin de l'Ouest, Muscardinus speciosus |
43 |
| Loup gris, Canis lupus |
42 |
| Crocidure leucode, Crocidura leucodon |
37 |
| Raton laveur commun, Procyon lotor (féral en WP) |
36 |
| Campagnol souterrain, Microtus subterraneus |
35 |
| Tamia de Sibérie, Tamias sibiricus (féral en FR) |
28 |
| Lièvre corse, Lepus corsicanus |
26 |
| Campagnol des neiges, Chionomys nivalis |
26 |
| Taupe d'Aquitaine, Talpa aquitania |
26 |
| Bouquetin des Pyrénées, Capra pyrenaica |
25 |
| Pachyure étrusque, Suncus etruscus |
24 |
| Souris d'Afrique du Nord, Mus spretus |
24 |
| Lynx boréal, Lynx lynx |
22 |
| Cerf sika, Cervus nippon (féral en WP) |
22 |
| Musaraigne carrelet, Sorex araneus |
19 |
| Ecureuil gris, Sciurus carolinensis (féral en WP) |
16 |
| Campagnol provençal, Microtus duodecimcostatus |
15 |
| Desman des Pyrénées, Galemys pyrenaicus |
15 |
| Ours brun, Ursus arctos |
11 |
| Wallaby de Bennett, Macropus rufogriseus (féral en WP) |
8 |
| Mouflon à manchettes, Ammotragus lervia (féral en FR) |
8 |
| Campagnol de Fatio, Microtus multiplex |
6 |
| Chien viverrin, Nyctereutes procyonoides (féral) |
5 |
| Grand Hamster, Cricetus cricetus |
5 |
| Vison d'Europe, Mustela lutreola |
5 |
| Campagnol de Lavernède, Microtus lavernedii |
5 |
| Crossope de Miller, Neomys milleri |
4 |
| Musaraigne alpine, Sorex alpinus |
4 |
| Campagnol de Gerbe / des Pyrénées, Microtus gerbei / pyrenaicus |
4 |
| Campagnol basque, Microtus lusitanicus |
2 |
| Muntjac de Chine, Muntiacus reevesi (féral en WP) |
1 |
| Campagnol de Savi, Microtus savii |
1 |
| Mulot alpestre, Apodemus alpicola |
1 |
| Musaraigne du Valais, Sorex antinorii |
1 |
| Taupe aveugle, Talpa caeca |
1 |
